В Балахне сохранились две церкви постройки XVIII века: Знаменская и Крестовоздвиженская. В 1795 году произошло их воссоединение в один приход.
В 1926 году храмы были закрыты, а их здания переданы Балахнинскому краеведческому научно-археологическому обществу.
В Крестовоздвиженской церкви в 1927 году открыли Балахнинский районный краеведческий музей, перемещенный в Покровский храм в 1950 году. Позже здание использовалось предприятиями пищевой промышленности.
25 декабря 2014 года состоялась церемония передачи храма Нижегородской епархии. Акт передачи подписали митрополит Нижегородский и Арзамасский Георгий и глава администрации Балахнинского района Дмитрий Скоробогатов.
20 июля 2021 года в храме впервые после его разорения по благословению митрополита Нижегородского и Арзамасского Георгия была совершена Божественная литургия.
29 февраля 2024 года митрополит Нижегородский и Арзамасский Георгий совершил чин освящения креста и купола возрождающегося Крестовоздвиженского храма.
